A ideia e apresentar um pulo de gato que vale a pena.
Você pode utilizar :
mysql optimize all tables
Ou
1.) Crie um arquivo com o nome lista_tabelas.txt
Neste arquivo digite a seguinte query :
select 'OPTIMIZE TABLE'," ", table_name,";" FROM information_schema.TABLES where table_schema = '<< NOME DO BANCO >>' AND engine='InnoDB';
2.) Depois de ter salvado o arquivo lista_tabelas.txt ( :wq ),vamos gerar outro arquivo com o comando OPTIMIZE TABLE para todas as tabelas
Um pulinho de gato não faz mal a ninguém.
mysql -u root -p <lista_tabelas.txt >OPTIMIZE_NOME_DO_BANCO.sql
Não esqueça que o Mysql vai pedir a senha do root
3.) Agora já possuimos o arquivo que contem os comandos a serem executados, basta então executar.
mysql -u root -p -b NOME_DO_BANCO >OPTIMIZE_NOME_DO_BANCO.sql
Boa sorte ;-)